MTヴァージョンアップの際に気をつけること

まずこちらをご参照ください。

【Movable Type 5 を最新のバージョンへアップグレード : Movable Type 5 ドキュメント】

https://www.movabletype.jp/documentation/mt5/upgrade/mt5.html

「2. 新しいディレクトリでのアップグレード」の手順で作業を進めてください。記事中にある ssh 接続で作業するとファイルの移動が楽ですし、後述するパーミッションの設定も必要ないので良いと思います。

$ ssh root@aaa.bbb.ccc.ddd でサーバーに接続

他、気がついた順に。